Ο Πυργετός βρίσκεται σε μια πλούσια και ενδιαφέρουσα περιοχή από πλευράς υδροβιότοπων εξ αιτίας της θέσης του ανάμεσα στους ποταμούς Αγιαμονιώτη και Κουμέρκη .
Στις  περιοχές  Πύργου, Αγίων Αποστόλων, Ρογγίων, Διπόταμου και Πυργετού βρίσκονται οι φλέβες (κανάλια) με τρεχούμενο νερό ήπιας ροής.
Οι φλέβες δημιουργήθηκαν κύρια από φυσικές πηγές (ανάβρες) που με τον καιρό διανοίχθηκαν από τους αγρότες, διοχετεύοντας σ’αυτές το νερό της βροχής και των αρτεσιανών. 
Ο μικρός αυτός υγροβιότοπος αποστραγγίζει το νερό της περιοχής, κάνοντας τη γη καλλιεργήσιμη, επικοινωνώντας με τον Κουμέρκη  και τον Αγιαμονιώτη ποταμό.
Η χλωρίδα παρουσιάζει την εξής μορφή :
1) Υδρόβια (ελόβια) βλάστηση (καλάμια, βούρλα, κ.λ.π.).
2)Παρόχθια βλάστηση (πλατάνια, λεύκες, ιτιές, αγριομουριές, φτελιαδές, καρομπλιες, ακακίες, μορμποτσιλιες, θάμνοι, πόες κ.λ.π.).
Η πρώτη μεγάλη καταστροφή του ποταμίσιου πλούτου έγινε τη δεκαετία του 1980-1990 με μηχανικά μέσα για τον καθαρισμό του.
Όμως κατά περιοχές η πανίδα κατορθώνει να επιβιώνει, παρά τις αντίξοες συνθήκες (μόλυνση και ρύπανση υδάτων και κοίτης),επίσης σώζονται περιοχές με αξιόλογη χλωρίδα, οι οποίοι σε συνδυασμό με την σωζόμενη πανίδα, δημιουργούν αξιόλογους υδροβιότοπους.
Ψάρια (μπριανες,αγάδες και μυλωνάκια), καραβίδες, καβούρια, χέλια, αμφίβια, βίδρες, νεροφίδες, νερόκοτες, λευκοτσικνιάδες, σταχτοτσικνιάδες, ήταυροι, αγριόπαπιες και αγριόχηνες, νεροκότσυφες, ψαθοπουαμίδες, ερωδιοί ,κτλ. ειδικά ο κατάλογος των πουλιών που απαντώνται περιέχει 47 είδη, όλα αυτά ζούσαν σε μεγάλους πληθυσμούς ως τις αρχές της δεκαετίας του ’80 άλλα και ζουν σε μικρότερους σήμερα στον υγροβιότοπο των φλεβών και των ποταμών Πηνειόυ, Κουμέρκη, Αγιαμονιώτη, Ληθαίου  που θα μπορούσαμε να πούμε ότι  αποτελούν «νησίδες» βιοποικιλότητας μέσα στη γενική περιβαλλοντική απαξίωση του θεσσαλικού κάμπου.

Ο Αγιαμονιώτης ποταμός

Μήκος διαμορφούμενο ποταμού: περίπου 12 χλμ.Το σημερινό πλάτος του ποταμού, μεταξύ των γεφυρών Πύργου-Πυργετού, είναι κατά πολύ μικρότερο σε σχέση με το παλιό που έφθανε μέχρι τα 35 μ..
Στη θέση της σημερινής οδικής γέφυρας (1958), υπήρξε ξύλινο γεφύρι. Η πρόσβαση μάλιστα στη γέφυρα του Πυργετού και στη συνέχεια στον οικισμό γινόταν με λιθόστρωτο (καλντερίμι) δρόμο έχοντας ως αφετηρία τον σημερινό δρόμο στην οδό Ψαρών.
Γενικά, η διαδρομή του Αγιαμονιώτη από τις πηγές του στη θέση Καρυά στο Μεγάλο Κεφαλόβρυσο και μέχρι τη σμίξη του με τον Κουμέρκη στο Φλαμούλι είναι ένα στενόμακρο μικρού πλάτους βαθούλωμα του εδάφους, του οποίου παλαιότερα πολλά τμήματά του ήταν ζευγαρολίβαδα και σήμερα ένα μεγάλο μέρος τους έχει καλυφθεί από τις εργατικές κατοικίες, το 2ο Τ.Ε.Ε. και το αθλητικό κέντρο του Πυργετού.
Ιδιαίτερα στην περιοχή του Πυργετού, με αφετηρία τη σημερινή γέφυρα, το νέο δημοτικό σχολείο και το κτίσμα του Πολιτιστικού Συλλόγου παλιότερα, στη θέση τους υπήρχε μία μεγάλη λιμνούλα η αποκαλούμενη στα χρόνια του Βυζαντίου Αργυρολίμνη.
Στην απέναντι όχθη υπάρχει σήμερα ένα μικρό αντλιοστάσιο, το οποίο τους θερινούς μήνες, Ιούλιο και Αύγουστο, ενισχύει με ποσότητα 800 H3/h την παροχή του Ληθαίου από το νερό του Αγιαμονιώτη, η σύνδεση έγινε στη δεκαετία του 1980-1990.
Οι όχθες στην προαναφερόμενη περιοχή σήμερα δεν έχουν βλάστηση και η κοίτη φέρει πυκνά καλάμια και σε ορισμένα σημεία είναι αρκετά βρώμικη ενώ στη θέση Νταούτι  παρουσιάζεται έντονη οικοδομική δραστηριότητα.

Ο Κουμέρκης ποταμός

Από τις άλλοτε πολλές πηγές, μία μόνο είναι εμφανής και βρίσκεται βορειοδυτικά του οικισμού του Μικρού Κεφαλόβρυσου και φέρει την ονομασία «Μάτι».
Σε μικρή απόσταση από εκεί από το τέρμα της λιμνούλας που ονομάζεται Γκιντζής και των τελευταίων σπιτιών του χωριού, αρχίζει σταδιακά να οροθετείται η αφετηρία του Κουμέρκη, του οποίου παλιότερα σε μεγάλα τμήματα της διαδρομής το πλάτος έφτανε μέχρι τα 40 μ.
Στη διαδρομή του η παροχή ενισχύεται και από άλλες πηγές με τις περισσότερες να βρίσκονται μεταξύ των χωριών Διπόταμου-Ρόγγια στην περιοχη αυτή έρχονται και σμίγουν σ’ ένα σημείο τρεις μεγάλες φλέβες.
Μετά τα Ρόγγια με κατεύθυνση, τώρα προς τα νότια και παράλληλα προς τον Πηνειό, ο Κουμέρκης κατευθύνεται προς τις περιοχές του Πυργετού.
Στη διαδρομή του, στην περιοχή Γεφυράκι, θα διασταυρωθεί με τον παλιό δρόμο Πυργετού-Παραπόταμου και θα συναντήσει το σωζόμενο εκεί ωραίο πέτρινο γεφύρι. Η διέλευση του Πηνειού για το Παραποταμο γινόταν με ένα καράβι (περατάρια).
Σε μικρή απόσταση προς ανάντι στην τοποθεσία Βούλια υπήρχε μικρός βάλτος 80 περίπου στρεμμάτων, τον οποίο ο Κουμέρκης παλιότερα διέσχιζε κάθετα.
Σε όλη τη διαδρομή μέχρι το μύλο του Τσαγκάδα  ο Κουμέρκης ποταμός ενισχυόταν με νερό από φλέβες που άλλες υπάρχουν ακόμη και τον τροφοδοτούν και άλλες έχουν στερέψει ή έχουν μπαζωθεί. 

ΒΙΒΛΙΟΓΡΑΦΙΑ-ΠΗΓΕΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΗΣΗΣ:

Οι Ανατολικοί παραπόταμοι του Πηνειού στο Νομό Τρικάλων, Τρίκαλα 2008, Κατσόγιαννος Νεκτάριος.

Αγιαμονιώτης ποταμός : μια πηγή βιοποικιλότητας στο κέντρο της πόλης,Δημήτρης Βαβύλης, Φοιτητής Βιολογίας

http://new.trikalacity.gr/art/agiamoniotis-potamos-mia-pigi-biopoikilotitas-sto-kentro-tis-polis?quicktabs_2=0

ΕΓΚΩΜΙΟΝ ΑΠΟΑΝΑΠΤΥΞΗΣ, Του Γιάννη Μπίλλα

http://gianmpillas.weebly.com/alpharhothetarhoalpha---deltaetamuomicronsigmaiotaepsilonupsilonsigmaepsiloniotasigma.html